水没都市Ｑ市の沖合に浮かび、シーチューブで本土と繋がれた巨大人工島、アクアポリス。そこに存在しえぬ巨牛が現れた晩、小学生タイチは校庭に全裸の少年を見つける。少年の名はサイト。おそらくエンプティ。
　数年後、スーパー・サイエンス・スクールに通うタイチの前に、Ｊとなのる白髮の女設計士が現れていう。「きみは濡女を見たはずだ」。 年齢も国籍も不詳のこの女は、みずからを蘆屋道満の末裔、そしてアクアポリスの守護者であると称した。なぜＱ市復興計画においてアクアポリス建造が最優先されたのか？ 　謎の答はアクアポリスの姿そのものにあった。十二の格子を内包する五角形の島、それは道満の護符と晴明の護符を暗示していた。
　復興景気の夢ふたたびと、あらゆる利権を手中にＱ市壊滅計画をめぐらす統治府の要人たち。彼らは変幻自在の荒ぶる精霊、伝説の牛鬼を召喚し、アクアポリスのセキュリティを破壊、沈没させんとしていた。誰の目にもうつらぬ危機。タイチとＪの静かな戦いが始まる――。